苦杏仁中的毒素是苦杏仁甙和苦杏仁甙酶，两者产生的氢氰酸，会引起中毒抑制呼吸。
苦杏仁做为一种中药材，具有平喘止咳、润肠通便等功效。苦杏仁中的苦杏仁甙和苦杏仁甙酶遇水产生微量的氢氰酸，对呼吸有抑制作用，过量食用后可能会引起食物中毒。苦杏仁中富含的脂肪油，可对肠黏膜起到润滑作用，以达到通便的功效。因苦杏仁中的微毒成分，千万不可过量食用。
苦杏仁做为食物食用时，一般需经过去皮泡水处理，用清水浸泡，每天换水，直到苦杏仁的涩味去除后，再用沸水煮熟，去除苦杏仁的毒性后食用。去除毒性后的苦杏仁可以和粳米一起熬粥或和瘦肉一起煲汤食用。但一定要注意适量，生活中如果误食中毒，建议及时催吐，随后尽快到当地专业医院就诊。
