服用益生菌反酸加重的原因可能是生理因素引起的，也可能是病理因素导致的，如药物刺激、反流性食管炎等。具体分析如下：
一、生理因素
益生菌能够调理胃肠道环境，缓解便秘、腹泻等病症。如果在使用期间，没有调整饮食结构，经常暴饮暴食，致使益生菌无法起到良好的治疗效果，引起食管部位的保护屏障下降，就可能会出现这种情况。建议日常饮食应以清淡为主，餐后不可剧烈活动，以免增加胃肠负担。
二、病理因素
1、药物刺激
如果患者长时间使用钙通道阻滞剂，导致食管部位括约肌松弛，无法抵御胃酸反流，就会出现上述情况。建议患者可咨询医生，是否更换药物治疗。
2、反流性食管炎
若患者长时间饮食不规律，或者精神压力较大，导致迷走神经过于兴奋，在腹内压力增加时，局部肌肉无法出现收缩反应，胃内容物回流至食管部位，出现该症状。建议患者遵医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊、枸橼酸莫沙必利片等药物治疗。
除此之外，胃溃疡、十二指肠溃疡等也可能会引起这种情况。建议日常应保持良好饮食习惯，控制体重。
