大约23％到45％的溃疡性结肠炎患者最终需要手术治疗。这些溃疡性结肠炎的患者有选择是否手术的机会，但对于出现并发症的患者，手术是不可避免的。
首先是择期手术的原因，一些患者决定进行手术是因为他们不能够继续忍受疾病的症状，或者他们对常规的药物治疗没有反应。还有一些人遭受了许多的药物副反应。还有一些已患结直肠癌，这些可以选择择期手术。
再就是有要急诊手术的情况 ，如突发、严重的溃疡性结肠炎，而且药物、甚至静脉输注激素均不能制症状。还有包括不能控制的结肠出血（比较罕见）和中毒性巨结肠、结肠穿孔等并发症是需要急诊手术的。
