金针菇的根通常不建议吃，比较难清洗。具体分析如下：
金针菇含有蛋白质、脂肪、碳水化合物等营养物质，能够为机体补充所需的营养，提高身体的生物活性，促进身体的新陈代谢。一般在食用时会将金针菇的根部完全切除，因为根部比较容易木质化，不容易咀嚼，并且容易夹杂腐木和泥土，很难清洗干净。在进食后可能会导致身体出现不适反应。
金针菇中含有秋水仙碱，在高温烹饪后才能够被完全破坏，所以避免生吃，以免人体出现中毒反应。
