胃肠镜属于比较安全的操作，所以对身体伤害一般不大。
胃肠镜一般是通过肠镜和胃镜，经过口腔及肛门对患者的食管、胃、十二指肠、结肠、直肠等进行检查，可以帮助诊断胃肠道黏膜是否发生溃疡、糜烂、炎症等情况，同时也可以对胃肠道黏膜病变取活检进行组织病理学检查。这种检查方法的安全性一般较高，但是属于一种有创操作，可能会导致患者的咽喉部位以及胃部黏膜等产生擦伤，尤其在需要进行取病理活检时，可能会导致局部出现出血等现象，但是这种伤害一般比较轻微，通过日后调养能够完全治愈，不会对身体产生较大危害。
胃肠镜虽然属于一种常规操作，但如果患有严重的心肺疾病以及怀疑有消化道穿孔、或者患有重症的咽喉部疾病等，一般不能进行胃肠镜检查，防止产生严重影响。
