打了人乳头瘤病毒疫苗第三针，来月经一直不干净可能是生理因素导致的，也可能是病理因素导致的，如阴道炎、宫颈息肉等。具体分析如下：
一、生理因素
人乳头瘤病毒疫苗主要是用于预防人乳头瘤病毒感染所导致的宫颈癌，打了人乳头瘤病毒疫苗第三针后来月经一直不干净，可能是人乳头瘤病毒疫苗中所含有的药物成分，对子宫部位产生刺激，但通常在短期内便能够自行缓解。
二、病理因素
1、阴道炎
女性阴道部位通常具有一定的菌群平衡，如果不甚受到外界病菌进入，可能会将平衡打破，引发阴道炎，使患者阴道部位在炎症因子刺激下产生上述症状，可以遵医嘱使用甲硝唑栓、替硝唑片等药物。
2、宫颈息肉
激素水平失衡、宫颈管阻塞、炎症长期刺激等都可能诱发宫颈息肉，使患者宫颈口处产生局限性赘生物，造成黏膜损伤，导致该症状。可以到正规医疗机构，通过息肉切除术进行治疗。
除此之外，打了人乳头瘤病毒疫苗第三针来月经一直不干净可能是宫颈炎、子宫内膜炎、子宫内膜息肉等导致的。建议在进行治疗期间忌烟忌酒。
