一般情况下，做完肠镜第二天肚子咕咕叫可能是肠道清洁剂影响、肠易激综合征、肠炎等因素引起的，患者可以根据具体原因进行对症治疗。具体分析如下：
1、肠道清洁剂影响
在进行肠镜检查前，需要进行肠道清洁，使用肠道清洁剂清洗肠道。肠道清洁剂可能会对肠道内的菌群产生影响，导致肠道蠕动加快，引起腹部鸣叫的情况。这是正常情况，不用特殊治疗，通常过段时间会自行痊愈。
2、肠易激综合征
长期食用高蛋白质的食物，可能会影响胃肠道消化功能，诱发肠易激综合征，出现腹痛、腹泻等症状。建议患者在医生的指导下使用盐酸美贝维林片、枸橼酸阿尔维林胶囊等药物进行治疗，同时避免长期吃高蛋白质的食物。
3、肠炎
肠道受到细菌、病毒感染，可能会产生炎症反应。在进行肠镜检查时，会损伤肠黏膜，引起肠鸣、腹胀等症状。建议患者在医生的指导下使用乳酸菌素片、苦参胶囊等药物进行治疗，同时多注意休息。
除以上三种原因外，还可能是其他原因引起的，如肠痉挛、直肠癌、结肠癌等，建议患者及时就医治疗。
