颅咽管瘤虽然说是一种颅内的良性肿瘤，但是因为其位置非常深，位于中颅底的鞍区，周围有很多重要的神经结构，而且肿瘤的本身又比较坚硬，肿瘤壁有很多钙化，想要完全切除非常困难，手术风险比较大。
因此，手术后的后遗症也就比较多。如果手术当中影响到了视神经视交叉，就会出现视力障碍和视力减退以及视野缺损。
如果手术当中骚扰到了大脑垂体，可能会出现大脑垂体功能低下、内分泌功能紊乱，甚至出现尿崩症、中枢性电解质紊乱。如果手术当中损伤到海绵窦，可能出现无法控制的恶性出血。
