在临床上，肛周脓肿破溃了，首先要给予抗感染治疗，而且最好根据患者的肛周脓肿的脓液细菌培养加药敏试验结果，进行恰当的抗感染治疗，而且要足量、全程。在积极的抗感染治疗的同时，要做好术前的检查及准备，排除相关的手术禁忌症。
如果患者的肛周脓肿破溃了，说明患者的肛周脓肿比较大，而且可能位置比较深，要对患者进行手术治疗。
手术的方式通常选用的是肛周脓肿切开引流术，加上挂线术，一方面解决了肛周脓肿的引流问题；另一方面也能预防肛周脓肿术后形成肛瘘的问题。而且，术后患者还要继续加强抗感染治疗，并且要对患者创面加强换药，而且保持引流通畅，患者的创面愈合才能良好。
