发烧39℃但是头不疼可能是由于生理性波动或发热症状个体差异，还有可能是由于过敏所引起的发烧等原因导致的。建议患者及时去医院就诊，进行相关检查，并在医生指导下进行对症治疗，以免延误病情，产生难以预料的后果。
1、生理性波动
部分患者发热可能是由于环境温度过高或衣物过厚等原因导致，当机体散热较慢的时候体温会出现明显升高，生理性体温波动通常不伴有头晕、头痛症状。若不伴有其他明显不适症状，这种生理性波动可通过改善环境气温或减少衣物的方式自行缓解。
2、个体差异
由于发热是因为体温调节中枢功能紊乱所引起的，个别患者的临床症状存在着差异，这些患者可能会在发烧的时候不伴随头痛的症状。这个时期患者应及时在医生指导下使用对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等。
3、过敏
当患者是过敏体质时，在生活中遇见易致敏物质可能就会出现发热这样的过敏反应，通常会伴有身体皮疹、皮疹发痒、疼痛等。这种情况下的发烧通常不伴有头晕、头痛的症状。此时患者应遵医嘱使用马来酸氯苯那敏片、氯雷他定片等。
