抗幽门螺杆菌的治疗后几天反而胃不舒服可能是消化不良、幽门螺杆菌未根除、药物副作用等原因导致的，需要根据具体情况来治疗。具体情况如下：
1、消化不良
在治疗期间，患者的肠胃功能比较弱，如果患者这一期间饮食过多，可能会引起消化不良的症状，从而导致出现胃胀、胃痛等症状，可以在医生的指导下服用健胃消食片、复方胰酶散等药物来促消化。
2、幽门螺杆菌未根除
如果治疗幽门螺杆菌的时间过短，可能会使幽门螺杆菌没有得到彻底治疗，引起肠胃不适的症状，一般需要适当延长治疗时间。
3、药物副作用
治疗幽门螺杆菌的药物主要包括奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶胶囊、艾普拉唑肠溶片等，一部分患者在服用这类药物后，会出现胃痛、恶心等副作用，一般需要立即停止用药。
此外，患有急性胃肠炎、焦虑症、抑郁症等疾病时，也会引起治疗中胃部不适的症状，建议去医院就诊，具体进行治疗。
