发热39℃通常是流行性感冒、急性扁桃体炎、肺炎等因素引起的。具体分析如下：
1、流行性感冒
通常是因为流感病毒感染而引起的一种病毒感染疾病，会导致患者出现发热、全身疼痛等症状，患者可以根据医生的指导口服磷酸奥司他韦胶囊或是使用扎那米韦吸入粉雾剂等药物进行治疗。
2、急性扁桃体炎
通常是因为气候变化或是致病菌感染，导致患者腭扁桃体出现的急性感染性炎症，会导致患者扁桃体肿大、疼痛，严重的时候会引起高热，出现抽搐的情况，患者可以在医生的指导下使用吲哚美辛胶囊、布洛芬片等药物进行退热。
3、肺炎
通常是因为细菌或者病毒感染，导致患者肺泡、肺组织出现炎症，会引起患者出现发热、恶心、胸痛等症状，患者可以根据医生的嘱咐使用左氧氟沙星片、阿司匹林维生素c泡腾片等药物进行治疗。
除以上因素外，还有败血症、急性乳腺炎、胆管癌等，患者需要及时到医院进行检查，做针对性的治疗，以免对身体造成更严重的损伤。
