一般情况下，睡醒躺着头疼可能是生理原因导致的，也可能是上呼吸道感染、颈椎病等病理原因引起的，通过一般治疗、药物治疗可逐步得到改善。具体分析如下：
一、生理原因
如果睡眠时间不足或长时间保持统一姿势，可能会使大脑未得到充分的休息，表现出上述反应，一般在充分休息及更换体位后可逐步缓解。
二、病理原因
1、上呼吸道感染
上呼吸道感染可能是病菌感染、自身免疫力低下等原因导致的，若患有该疾病，可能会导致鼻腔黏膜充血水肿，使鼻神经、嗅觉神经受到刺激，表现出睡醒躺着头疼的症状。对此，可遵医嘱使用利巴韦林颗粒、氨咖黄敏胶囊、吲哚美辛片等进行治疗。
2、颈椎病
颈椎病的影响因素包括软组织损伤、颈椎退行性变，如果患有该疾病，可能会刺激或压迫神经，致使上述情况出现。针对这一情况，建议在医生指导下服用相关药物进行治疗，比如布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊、甲钴胺片等。
除了上述原因，该情况还可能与高血压、脑血管痉挛、颅内肿瘤等原因有关。若是长时间未缓解，应积极就医，明确具体病因，并进行针对性治疗。
