鼻拭子和咽拭子区别主要在于留取标本位置、材质不一样，一般认为鼻拭子比咽拭子检测效果好一点。
咽拭子是在咽部，可能会因为各方面原因而减弱病毒含量，而鼻拭子需要到鼻腔里，不是外鼻腔，暴露风险相对咽拭子更低，而采集时是用比较长的拭子，缓缓旋转送到鼻腔深部，采取的过程也会比咽拭子时间长，可以获得足够量的样本。
鼻咽采集法从鼻咽部采集样本，鼻咽部是鼻子后面的喉咙上部。在此测试前需清洁双手，然后将一根小尖头棉签平行于下巴插入鼻腔内，感觉到阻力后停下。棉签插入的深度不超过鼻孔和耳朵之间距离的一半。然后将鼻拭子在保持原位的同时旋转几次，然后在轻轻旋转的同时缓慢取出。若是拭子的尖端被样本完全浸透，就不需要从两个鼻孔采集样本。
