肛门疼痛是肛肠科最常见的临床症状之一。肛肠科有很多临床症状，如便血、脱出、疼痛。疼痛是最常见，也是最复杂的临床症状。肛门口的许多疾病，都可以引起肛门疼痛，直肠肛管异物、内痔血栓、外痔血栓、肛周脓肿、肛裂等都会引起肛门疼痛。疼痛的性质程度和发病的诱因不同。
有一种情况是基本上没有什么疾病，但长期吃辛辣刺激的食物，也可以导致暂时性的肛门疼痛。还有一种是功能性肛门疼，做了所有检查，在肛门口均未发现任何的异常。但患者自觉肛门口疼痛，称之为功能性肛门疼。一般情况下与心理抑郁有很大的关系。
